（一）关于分包工程的营业税缴纳问题，首先必须了解它是为了简化税收征收，并对足额缴纳营业税进行保护的一个必要过程。工程的总承包商被规定了一项义务，就是必须为分包商代为缴纳营业税。这便说明了，除了要按照减去支付的分包成本后的承包总额来计算并缴纳营业税之外，还必须承担分包人的营业税，这部分税额应以分包工程所结算的工程款作为其计税的依据来进行代缴。若是总承包方对此项法定的义务不予履行的话，就会根据税收征收以及管理的条例让相关部门去对其作出一定处罚，如此才能维护税务的严肃性。
（二）建筑工程被总承包方分包出去之后，支付给分包商的金额也就是自身的施工成本，所以总承包商与最终实际发生的施工费用是没有任何关系的。支付给总承包人款项，将被总承包商纳入到自身企业的施工成本当中，而支付给分包商的金额则会算进工程的总成本当中，并借此来计算工程进度的百分比。同时，这也是为了能准确计算出工程的成本与收入打下一个良好的核算基础。在“工程施工-合同成本”的科目中，会计入累计的各期成本，用于确认和核算施工项目的总成本。另外，各期的项目成本则会计入“主营业务成本”的科目当中。
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