我国2003年7月1日起开始施行《建设工程工程量清单计价规范》（以下简称《清单规范》），规定全部使用国有资金投资或国有资金投资为主的建设工程应执行《清单规范》；其他投资的建设工程采用工程量清单计价的应执行《清单规范》。推行工程量清单招投标，实现量价分离，对于完善招投标制度，促进施工企业提高管理水平自主报价，并由市场竞争决定价格，起到了积极的作用。但是，工程量清单招投标在我国还刚刚推行，起步较晚，实践中还存在不少问题。
招标文件的公平性问题。《清单规范》4.0.9条规定“工程量清单漏项或设计变更引起新的工程量清单项目，其相应综合单价由承包人提出，经发包人确认后作为结算依据”。建设部对该条的解释是“为了合理减少工程承包人的风险，并遵照谁引起风险谁承担责任的原则，本规范对工程量变更及其综合单价的确定作了规定。执行中应注意，不论由于工程量清单有误或漏项，还是由于设计变更引起的新的工程量清单项目或清单项目工程数量的增减，均应按实调整……”。但是，不少的招标文件中却有类似这样的规定：“招标文件所附工程量清单仅供参考，投标人须根据招标人提供的施工图纸和技术规范要求自行核实工程量后进行报价，本工程实行总价包干。”，还有的直接标明“由施工企业3日内复核，若无意见则接受，结算时不再调整”。显然这样的规定违反了《清单规范》和有关法规，是有失公平的。这种规避己方编制工程量清单不准确责任，将风险转嫁给投标人的现象，给下一步建筑项目的合同谈判、施工、管理、协调、工期、质量、索赔等等，都会带来一系列问题，处理不好，不仅投标人遭受重大损失，招标人同样不可避免地蒙受重大损失。
而且，即使投标人审核出有量差，招标人一般也不进行调整，而多是让投标人在报价中通过价格调整予以解决，但招标人以原工程量编制的标底却不做调整。因此，采用工程量清单计价进行招标还需要出台具体的法规、操作规程进行指导，以最终实现量价分离、风险共担，保护双方当事人的权益。
工程量清单的质量问题。工程量清单由发包人编制，是《清单规范》赋予发包人的责任，当其因自身原因不能编制时可委托具有相应资质的工程造价咨询单位编制。但是，当前不管是发包人还是工程造价咨询单位编制的工程量清单质量均不太高，存在清单范围不明确、项目特征描述不清、工程量计算不准、漏项严重以及与《清单规范》的计算规则不相吻合的现象。工程量清单编制工作质量的高低，直接影响到建设项目的投资、投标人的投标报价、施工过程中的管理、资金拨付以及最后的工程结算。工程量清单质量问题的存在，会给下一步的工作带来非常大的麻烦。
施工企业对工程量清单报价认识不足，风险估计不够，盲目进行报价。工程量清单报价实施以后，原有的企业预算价格体系受到很大冲击，新的报价体系尚待构建起来，企业定额缺乏，完全凭过去的经验结合市场行情报价，缺乏科学完整的投标评价体系；有的还投机心理严重，恶意压低报价。
评标过程中评标专家分析投标报价工作做得不够。工程量清单报价的优点在于工程量一致、子目一致。投标人只需根据招标人提供的工程量清单数量、子目报每项的单价和相关的措施费用及计算相应的税费，非常便于评标人员对各投标人的报价进行分析对比，以评价报价的合理性，但这项工作往往做得不够。一些评标专家迎合招标人心理，不对投标报价进行仔细的研究分析和公正客观的评判，仅仅对各投标人所报总价进行比较，强调最低价中标。
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