缺乏比较健全完善的审计体系。水利工程的审计一般是在工程初步验收以后，竣工验收以前进行，基本上都是事后监督，缺乏中间过程的监督，没有健全完善的审计体系。审计方法陈旧，手段单一。目前常用的审计方法是根据部颁或各级颁发的建安工程预算定额的编制顺序逐一的全部进行审查，似乎是施工图预算编制的重复劳动，方法陈旧，手段单一，耗时多，效率较低。审计重点不突出，主次不明。审计中没有主次之分，重点不明，对整个项目中影响较大的内容没有突出，眉毛胡子一把抓，甚至有可能丢了西瓜拣了芝麻。审计人员综合素质较低，业务水平偏低。审计人员知识面狭窄，对水利工程的施工工序、方法以及计量方法等知之甚少，甚至一无所知，仅仅只能从帐面上审查，对工程实质不能深人，业务水平偏低。水利工程审计的几点建议1.健全审计体系，变事后监督为自始至终的监督，要建立与之相适应的审计体系。工程审计随着施工进度而同步开展的，审计的内容囊括了投资、进度、质量三方面。水利工程从开始立项到竣工验收交付使用都是动态的，加之建设周期较长，有的可能跨度若干年，如果仅依靠工程完工以后的审计，那么审计中发现的某些问题也无法弥补，给国家势必造成无法挽回的损失。所以说只有建立健全审计体系，从工程立项、招投标、实施、竣工验收整个建设周期内实施跟踪审计制，扩大审计范围，加强工程项目的中间监督，变事后监督为自始至终的监督，才能圆满地完成水利工程的审计工作。
2.结合水利工程个别差异性采用不同的审计方法。审计部门要在建筑工程造价控制与管理的各个环节中充分发挥控制、把关与监督，最大限度地节约审计成本，提高审计工作效率，具体的审计方法有。(1)全面审计法。指按照国家或行业建筑工程预算定额的编制顺序或施工的先后顺序，逐一的全部进行审查的方法。此方法的优点是全面、细致，经审计的工程造价差错比较少、质量比较高，但工作量较大，对于枢纽工程、主要单位工程，工艺比较复杂、造价编制或报价单位技术力量薄弱，信誉度较低的单位必须采用全面审计法。(2)个别抽查法。水利工程多以民办公助为主，以工代赈普遍存在，工程所在地群众投工投劳承担场地平整土石方工程，可能是有多少个村民小组就有多少个工程结算，只能采取个别抽查法，按照一定的比例随机抽查一些进行审计，以点代面。(3)定型图审计法。小水窖、小管引、谷坊等小型水利及水保工基本上采用的是标准图纸施工，应该用定型图审计法。先编制标准预算或决算造价，以此为标准进行对照审计，而对局部不同的部分和设计变更部分作单独审查即可。这种方法的优点是时间短、效果好、定案容易。(4)对比审计法。水利工程具有个体差异性，没有相同的两个工程，没有可比性。对比审计法指的是一个工程的几个标段间的对比。山区引水工程中，渠道长度可能有数公里，渠系建筑物有渠道、渡槽、倒虹吸、桥涵、隧洞，各标段以里程划分。可以先剔除建筑物部分对比审核各标段渠道单位公里造价，悬殊较大的再作全面审核，有利于有的放矢，节约时间。
3.抓住重点，加强对水利工程工程量的审计。(1)现场检查。对于工程量的签证，审核时必须深入实际，亲临现场逐项丈量、计算，逐笔核实工程实际完成量，监督工程资金投放是否合理，审查工程质量，分析工程施工进度是否滞后，应该多向监理工程师了解工程情况，多向设计方请教，做到脚勤、嘴勤、手勤对于工程量的签证，审核时必须深入实际，到现场逐项丈量、计算，逐笔核实，多动手。应该多向监理工程师了解工程情况，多向设计方请教，做到脚勤、嘴勤、手勤。(2)加强对隐蔽工程的审核。水利工程在初验后都有试运行阶段，已经过水，对于隐蔽部分基本肉眼无法观察，对其审核主要通过验证工程签证的合法性、真实性、规范性、合理性来核定。其必须同时具备业主、监理、承包方三方签章。(3)加强对图外增加和图内减少工程的核查。水利工程地质复杂，施工图设计多有变动，图外增加工程审计只须核查增加的内容、数量是否正确，而重中之重要核查图内减少工程是否减去了。许多不法份子都是在这方面相互勾结，该增已增，该减不减，从中牟利，做好图内减少工程的核查就关住了国有资产流失的阀门。
4.强化审计队伍建设，提高审计人员素质。工程审计的从业人员主要是会计师、审计师，而工程造价对于会计师、审计师来说仅是相关专业。《建筑法》明确规定，从事工程造价治理的专业技术人员应当依法取得相应的执业资格才能从事工程结算审核。有的审计部门则认为审计部门根据《审计法》必须对建设项目的预、决算进行审计，审计人员只须凭审计职能就能开展审计工作，无须持证上岗，导致许多审计人员业务水平较低。水利工程审计是一门涉及法律、法规、财务、设计、施工、造价、监理等多个领域的综合学科，这就要求审计人员要加强学习，不断提高业务水平。
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